A su regreso en 1994, ha desarrollado su línea de investigación totalmente en Chile y ha sido financiado básicamente por la obtención de 8 proyectos FONDECYT consecutivos y últimamente un proyecto FONDEF, de los cuales siempre ha sido el investigador responsable; últimamente pertenece además al Núcleo Milenio actualmente Instituto Milenio. El desarrollo de estos proyectos ha dado como resultado más de 100 artículos ISI y donde se destaca en forma especial que en más del 90% de ellos es el autor principal o el “correspondence author”, lo que señala que prácticamente toda la investigación ha sido desarrollada en el Departamento de Endocrinología de la PUC. Estos logros han sido reconocidos con variados premios, que suman en total a la fecha 48 tanto en congresos nacionales o internacionales. Además, ha sido director de diferentes tesis y tutorías de alumnos de postgrado.

Se destaca que en 2 oportunidades ha recibido el premio al mejor trabajo publicado en Chile (otorgado por la Sociedad Médica 1994 y 2001), el premio a la Excelencia en Investigación (otorgado por la Universidad Católica en 1997), el Premio Academia de Medicina (otorgado por la Sociedad Medica 2002). También ha formado parte de Comité Editorial de revistas internacionales. En el año 2008 ha sido nominado como experto mundial en el tema de Hipertensión Mineralocorticoidea, donde junto a un grupo de 8 expertos designados por la Endocrine Society ha elaborado las guías de diagnóstico y tratamiento del hiperaldosteronismo primario. Este logro representa el más alto reconocimiento internacional recibido por el Dr. Fardella y es un reconocimiento a su experiencia y aporte creativo en esta área del saber, desarrollada íntegramente en Chile.